Kauden 2013 Liigacupin lohkojako lyötiin lukkoon Jalkapalloliigan hallituksen kokouksessa maanantaina 19. marraskuuta. Liigacup pelataan kauden 2012 tapaan kolmessa neljän joukkueen alkulohkossa, joista yhteensä kahdeksan joukkuetta etenee jatkopeleihin.
Liigacupin lohkovaiheen ottelut voidaan aloittaa 15. tammikuuta ja lohkovaihe tulee olla pelattuna 6. maaliskuuta mennessä. Puolivälierät pelataan lauantaina 9. maaliskuuta ja välierät keskiviikkona 13. maaliskuuta. Liigacupin finaali kaudella 2013 pelataan lauantaina 6. huhtikuuta.
Liigacupin 2012 mestari TPS on lohkossa yksi FC Lahden, JJK:n ja FC Interin kanssa.
Liigacupin 2013 lohkojako (lohkonumerot arvottu)
Lohko 1
FC Lahti
JJK
TPS
FC Inter
Lohko 2
IFK Mariehamn
HJK
FC Honka
MYPA
Lohko 3
FF Jaro
VPS
KuPS
RoPS
Seurat neuvottelevat keskenään alkulohkovaiheen otteluohjelman ja se julkistetaan joulukuun 2012 alkupuolella.